O /etc/php5/apache2/php.ini
é carregado por padrão quando executado em libapache-mod-php5, não tenho certeza de como você pode fazer isso a partir da linha de comando, mas você pode especificar o arquivo ini a ser carregado manualmente usando a opção de linha de comando --php-ini
.
Por exemplo:
$ php --ini --php-ini /etc/php5/apache2/
No entanto, parece que, mesmo no caso acima, o /etc/php5/cli/conf.d
é analisado. Aparentemente, para sobrescrever esse diretório, você pode precisar configurá-lo em tempo de compilação, veja: link