Este é um post antigo, mas eu estava apenas procurando por isso, então aqui está o que funcionou para mim.
[Desktop Entry]
Version=1.0
Type=Application
Name=Vim
GenericName=Text Editor
Comment=Edit text files
Icon=vim
TryExec=vim
Exec=xfce4-terminal -e "vim %F"
NoDisplay=false
Categories=TextEditor;Utility;
MimeType=text/plain;
StartupNotify=false
Terminal=false
cite o comando vim e configure terminal para false