Eu li sobre a capacidade de armazenar arquivos de configuração que vivem fora de /etc aqui, e eu testei em um servidor de teste e parece funcionar.
Uma coisa com a qual estou tendo um problema, no entanto, é identificar o que esses arquivos externos do /etc em um aplicativo precisam ser incluídos e o que precisa ser deixado de fora. O que torna um arquivo um bom candidato para inclusão ou exclusão no etckeeper?
Parece que se você tiver um aplicativo que fica no topo de uma LAMP ou outra pilha, que é o arquivo de configuração e .htaccess ou equivalente, deve ser incluído em /etc para ter um log de alterações que pode ser incluído no mesmo commit.
Embora eu saiba que você poderia armazenar toda a aplicação no git, isso atrasa os commits e usa mis-git.
Parece também que qualquer coisa considerada cache ou binário deve ser excluída, mas qualquer arquivo de configuração baseado em texto deve ser incluído.