Você entendeu mal a finalidade de --prefix
.
Se você não especificar, o padrão será /usr/local
, portanto, quando você especificar um PREFIX, ele substituirá /usr/local
, ele não será o prefixo.
Assim, o seu aplicativo provavelmente está procurando seus dados em /lots/of/subdirs/share
, em vez de /usr/local/share
, sem saber por que você acha que está parecendo lá.