A única maneira que eu sei é encolher / aumentar um pouco a partição com gparted (ou uma versão antiga de parted que ainda fez isso). De alguma forma, o código para redimensionar vfat está oculto neste programa de particionamento (ou libparted para essa matéria) e não parece haver ferramentas como resize2fs que fazem isso diretamente ou oferecem mais opções.
Se tal redimensionamento é suficiente para o seu SoC incorporado - não tenho certeza de quão bem o vfat é capaz de se adaptar a tamanhos de partição arbitrários - você vinculou a um programa com o qual você pode testar. Você pode ter que tornar sua partição um pouco menor para que os valores correspondam.