Você pode usar a opção --admindir para escolher um diretório de estado, como /my/root/var/lib/dpkg/alternatives , e a opção --altdir para escolher um diretório de link, como /my/root/etc/alternatives . No entanto, update-alternatives verá links simbólicos absolutos em /my/root/etc/alternatives , apontando para /usr/bin e semelhantes, portanto, poderá ver links quebrados para programas que não estão instalados na raiz alternativa.
Não há nenhuma opção para dizer que funcione inteiramente dentro de uma raiz. Portanto, use o método genérico: chroot .
chroot /my/root update-alternatives …
Se você não quiser rodar como root, você pode usar o fakechroot .