O Dropbox, na verdade, não segue links simbólicos.
Bem, funciona, mas não quando o arquivo é editado. Portanto, se você adicionar um link simbólico, o backup do arquivo original será feito em outros computadores. Mas se você editar esse arquivo em outro computador, o link simbólico será quebrado. Isso foi um grande choque quando aconteceu comigo.
O Dropbox só funciona da maneira que você (como usuário do Linux) espera quando o arquivo original está no Dropbox, e o link simbólico está em outro lugar. Portanto, uma solução para você seria copiar todos os seus arquivos pequenos para a pasta da caixa de depósito e, em seguida, vinculá-los de seus locais originais em seu sistema de arquivos. Você poderia fazer isso com um comando (longo) de uma linha find
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Veja minha resposta aqui: O dropbox sincroniza hardlinks?