Sim, as configurações de DNSSEC são por zona. Definir as opções para uma zona não afeta as outras.
Eu tenho uma dúzia de domínios configurados em um conjunto de zonas no BIND e preciso adicionar um novo com o DNSSEC ativado. Se eu ativar o DNSSEC:
options {
dnssec-enable yes;
dnssec-validation yes;
};
Irá quebrar os outros domínios? Parece que não vai, mas eu quero ter certeza.