No Linux, instale e execute o daemon SSH sshd
(o pacote é openssh-server
na maioria das distribuições). Em seguida, faça o download do Windows e use WinSCP para conectar-se à máquina Linux e transferir seus arquivos em ambas as direções.
Ou - para fazer o inverso - instale o servidor SSH freeSSHd no Windows, depois do Linux execute o comando scp user1@linuxbox:/home/user1/myfile user2@winbox:
(adaptar conforme apropriado).
Todas essas ferramentas estão disponíveis gratuitamente.