Aparentemente, ./configure estava tentando usar o executável python do sistema em /usr/bin/python e, como eu não o estava executando com o sudo, ele estava falhando por algum motivo.
./configure procura seu $PATH para o executável python, então tive que adicionar o diretório bin python local ao meu $Path antes do /usr/bin dir.
Portanto, adicionar algo assim em export PATH=$HOME/python/bin:$PATH em .bashrc fez com que funcionasse.
Observe que o diretório local bin do python precisa ser antes do /usr/bin/ dir em $PATH .