Uma imagem vale mais que mil palavras, então: 
Seiquesairoureiniciarprovavelmentefaráotruque.Euqueroalgoquenãoexijadeles.
Tentei-nãousar:
Comoremoverasombra?Eleficaacimadequalquerjanelaqueeuabro,entãonãopossoesconder.Sealguémtambémpodeexplicarporquecopiarumarquivoatravésdodrag'n'dropacabouassim,serialegal.
Visãomaiordeumtom,comoeuvejoagora,aodigitarapergunta:
Curioso, eu apenas tentei arrastar e soltar um arquivo sobre ele - eu não posso. Não irá copiar / mover, a menos que eu mova o cursor para fora da sombra, então ele executa como esperado. Então, nomen omen, shade modela a janela abaixo dela e assim evita clicar aqui.
No final, reiniciei o sistema antes de verificar xkill . Que vergonha para mim, como 'xkill' parecia uma solução mais interessante. Tentei replicar algumas vezes desde então, mas sem sucesso.
ATUALIZAÇÃO:
Apenas tive um problema semelhante, mas com um cursor. Terminal aberto, lançado xkill e ... cancelado é executado quando perguntado por qual janela matar. Cancelado via Ctrl + c . Cursor voltou ao normal. : -)