Houve alguns problemas com o chdir e o upstart há algum tempo. Geralmente o upstart estava fazendo algumas coisas estranhas com os processess que resultaram no ./application sendo executado não a partir do diretório definido pelo chiririr.
Tente exec /srv/MyApp/appServer sem chdir ou exec 'cd /srv/MyApp/; ./appServer' (haverá diferença de escopo para o diretório de trabalho aqui, mas isso não deve importar em seu exemplo)