Funciona para mim. Você instalou o certificado em /usr/local/share/ca-certificates com o sufixo .crt ? Esta é a parte do script update-ca-certificates, que adiciona certificados de LOCALCERTSDIR :
if [ -d "$LOCALCERTSDIR" ]
then
find -L "$LOCALCERTSDIR" -type f -name '*.crt' | sort | while read crt
do
add "$crt"
done
fi
Você pode querer verificar se LOCALCERTSDIR está definido como o diretório /usr/local/share/ca-certificates . Depois de executar o update-ca-certificates, obtive um link de /etc/ssl/certs/xyz.pem to $LOCALCERTSDIR/xyz.crt e seu conteúdo foi adicionado ao /etc/ssl/certs/ca-certificates.crt . Espero que isso ajude!