No Debian e derivados, você pode verificar periodicamente a integridade dos arquivos instalados pelo gerenciador de pacotes, usando a opção "-V" (--verify) para o dpkg.
Alternativamente, para versões mais antigas da Debian, existe o pacote "debsums".
Para outros cenários além dos acima, e para dados configuráveis, uma ferramenta como "tripwire" pode atender às suas necessidades.