Eu tenho um mouse mágico no meu sistema Ubuntu 14.04.2. Funciona muito bem, exceto que desconecta sem motivo e se reconecta um minuto depois. Não sei por que isso está ocorrendo. Troquei as baterias no dispositivo e funciona bem no meu mac.
Eu tive um problema semelhante (ish) com meu wifi e tive que desativar um recurso de economia de energia. Poderia haver algo semelhante com o adaptador bluetooth?