qual é o nome do arquivo de configuração para a sua placa no diretório include/configs/
e onde o arquivo específico da sua placa reside no diretório board/
? Eu não tenho direitos para comentários, então eu tenho que colocar a consulta como resposta.
Eu duvido que a inicialização do driver flash spi seja feita duas vezes, uma vez a partir de arch/arm/lib/board.c
e uma vez a partir do arquivo específico da placa, porque você vê SPI flash sondado duas vezes.