Eu notei a mesma coisa se houver vários layouts disponíveis. Pressionar Ctrl sempre usará o primeiro layout na lista de layouts. Significa que, se Dvorak não for o primeiro, você terá esse comportamento. Pode ser confuso, mas acho útil.
No entanto, o problema é que isso nem sempre se aplica, dependendo do aplicativo ativo. Agora estou procurando uma solução em que teria o mesmo comportamento, mas consistentemente.
Isso - link - aparentemente deve funcionar com Wayland. Ainda não tentei, mas há relatos de que funciona.