Não tenho certeza se isso irá ajudá-lo, mas eu tinha originalmente apenas wget'd phpmyadmin e configurá-lo manualmente.
Eu mudei para o phpmyadmin do apt-get install. Eu também tive problemas com o php5-mysql e o php5-mysqlnd não sendo versões compatíveis, então eu tive que remover o php5-mysql em todos os servidores e adicionar o php5-mysqlnd.
Os erros que eu estava recebendo eram apenas do phpmyadmin. Não é possível efetuar login no servidor MySQL 2003 Não é possível efetuar login no servidor MySQL 1043 Não é possível efetuar login no servidor MySQL
Depois de instalar o phpmyadmin do apt-get, eu basicamente pensei em "começar do zero" com a configuração.
Para mim, foi essa configuração, que foi a diferença entre poder acessar o phpmyadmin e não: $ cfg ['Servers'] [$ i] ['ssl'] = true;
Eu removi essa opção e consegui fazer o login. Não faço ideia do porquê!
Sugiro obter um template em branco de config.inc.php e adicionar apenas os parâmetros obrigatórios e ver o que acontece ...