Você pode fazer este comando para executar toda vez que inicializar seu sistema usando o 'Startup Applications' que está disponível por padrão no Ubuntu.
Basta digitar "Aplicativos de inicialização" no painel. Um aplicativo será aberto. Clique no botão Adicionar no aplicativo e digite o comando (no seu caso, seu chmod 0700 ~ / .ssh ) e você também pode especificar o Nome e o Comentário para esse comando.
Agora, toda vez que você inicializar seu sistema, esse comando será executado automaticamente. Você também pode dar uma olhada em adicionar os programas de inicialização na linha de comando aqui