Provavelmente existem alguns arquivos abertos por processos, e é por isso que a exclusão deles ainda não liberou espaço.
Portanto, se você excluiu um arquivo de log grande ou semelhante, reinicie o processo que estava gravando no arquivo.
Você pode obter mais informações sobre quais arquivos estão abertos, o tamanho e qual processo os está usando com o comando lsof .