Não posso dar uma recomendação final, mas posso compartilhar algumas reflexões sobre o assunto. Dado que o / etc é geralmente pequeno, você pode optar por uma simples solução de tar-ball compactada. Se você não precisa passar pelo histórico, pode ser a solução mais fácil de configurar.
Para mim, seria tedioso gerenciar os volumes lógicos apenas para acompanhar / etc e especialmente porque eu não acho que os snapshots do LVM foram projetados para serem criados regularmente como meio de backup de uma quantidade relativamente pequena de dados. .
O btrfs parece ser muito melhor para isso, mas ainda não é tão estável quanto, por exemplo, ext {2,3,4} e a ferramenta fsck também não está pronta ainda. Mas continuamente melhora.
Pessoalmente, eu realmente uso o git para rastrear / etc, mas você deve ter em mente que o git não armazena metainformation de arquivo como posse ou permissão! E também verifique se o diretório .git tem a permissão correta. Existem algumas ferramentas que ajudam com esses problemas. Você pode querer dar uma olhada em etc-keeper , que foi desenvolvido exatamente para acompanhar / etc ou use pelo menos algo como gitperms ou metastore para rastrear a metainformação.