Você pode usar a opção --newmode do xrandr para adicionar o modo ao X; então você pode usar a opção --addmode do xrandr para adicionar o modo à saída que você está usando. Então você deve ser capaz de selecionar o modo usando xrandr ou um seletor de modo GUI.
xrandr --newmode "1600x900_60.00" 118.25 1600 1696 1856 2112 900 903 908 934 -hsync +vsync
xrandr --addmode VGA1 "1600x900_60.00"
Para mudar para o modo usando xrandr:
xrandr --output VGA1 --mode "1600x900_60.00"
Infelizmente esta solução deve ser repetida toda vez que você reiniciar (é claro que você pode fazer o script). Eu encontrei esta questão procurando mais informações sobre como escrever a mudança permanente no xorg.conf.
Eu pretendo tentar a resposta xorg.conf muito simples em um pergunta semelhante