se o firefox já estiver em execução, ele não abrirá uma nova instância, mas se conectará ao antigo (tente fechar o firefox e abrir o link para ver se ele abre todas as noites)
o que você precisa fazer é abri-lo com a opção --no-remote
Exec=/home/yang/Apps/firefox/firefox --no-remote %u
EDIT: em alguns sistemas, não-remoto (um caractere menos)