Você precisa definir seu sistema de volta para o modo EFI. Se você inicializar no modo BIOS, as variáveis EFI NÃO estarão disponíveis para o SO (independentemente de serem Windows ou Linux).
Se você inicializar no linux, poderá ver /sys/firmware/efi/efivars
e /sys/firmware/efi/vars/
para ver se está no modo EFI com sucesso ou não.
O Windows oferece suporte apenas à inicialização UEFI-GPT ou à inicialização do BIOS-MBR, e não às inicializações UEFI-MBR ou BIOS-GPT.