Eu executei recentemente atualizações agora o terminal não vê pacotes instalados

Question

Como diz o título, recentemente executei o atualizador do sistema. Na época, havia 400 atualizações. Eu instalei todos eles e tudo estava aveludado.

Alguns dias depois, mostrei que eu tinha mais atualizações. Então, querendo evitar chegar a 400 atualizações novamente, eu as corri. Havia apenas 4 e todos eles estavam relacionados a bibliotecas python.

Estas foram todas atualizações de nível 3 e eu as instalei no dia seguinte à sua publicação (25/6/13).

Eu sou um desenvolvedor Ruby On Rails e no dia seguinte eu entrei e estava trabalhando em um projeto, fui executar o meu servidor rails com o comando rails s e recebi esta mensagem:

rails is not currently installed please run apt-get install rails to install.

Eu então tentei executar rake , cap -f deploy (capistrano) e até ruby -v e recebi a mesma mensagem para todos eles.

O RubyMine (meu IDE) ainda vê que o ruby on rails está instalado, e eu posso executar meu servidor de desenvolvimento. Isso não é o ideal, no entanto:
Como faço meu terminal ver meu ruby on? instalação de trilhos novamente?