A solução revelou-se bastante simples. Acontece que eu estava cutucando o GPIO errado. O deslocamento inicial foi definido em:
$LINUX/arch/arm/mach-at91/include/mach/gpio.h
como:
#define PIN_BASE NR_AIC_IRQS
NR_AIC_IRQS é definido em irqs.h no mesmo diretório que:
#define NR_AIC_IRQS 32
Os pinos que eu estava procurando eram PB12 e PB13, que eu encontrei no gpio.h definido como:
#define AT91_PIN_PB12 (PIN_BASE + 0X20 + 12)
#define AT91_PIN_PB13 (PIN_BASE + 0X20 + 13)
Então os pinos que eu estava procurando eram 32 + 32 + 12 = 76 e 77.