Eu faria um mkdir /var/run/nginx
(ou qualquer que seja o nome do programa) e localize-os lá. Você pode restringir o acesso aos soquetes, se necessário, alterando a propriedade do diretório.
Provavelmente não é muito necessário, por razões de segurança, a menos que você seja um pouco paranóico ou permita que pessoas que você não conheça façam login via ssh
.