Como sugestão de revisão man hier ou outra documentação sobre os padrões de hierarquia. Eu instalo pacotes em /opt , que mapeia para o diretório /Applications . Na maioria dos sistemas que eu trabalhei, os diretórios de pacotes bin são adicionados ao PATH no usuário .profile ou no sistema /etc/profile .
Em alguns casos, a configuração e os binários podem ser vinculados aos diretórios bin , sbin , etc e lib padrão no diretório raiz ou em /usr/local .
EDIT: releia sua pergunta. Use os diretórios padrão bin , sbin , lib , etc , usr e var . Os diretórios de origem e de compilação geralmente estão localizados em um local /usr/src com um diretório por pacote. A instalação geralmente é feita copiando os arquivos na estrutura de diretório padrão. Depois que a instalação estiver concluída, será seguro limpar ou remover o diretório em /usr/src .