Se você ainda estiver usando a versão 7.3.346, encontrei uma configuração útil:
set ttymouse=xterm2
com isso, eu não tive o problema pelo menos por um tempo relativamente curto de testes.
Este bug foi relatado e deveria ter sido corrigido com a versão 7.3 .363-1 .
UPDATE :
O Debian Wheezy atualizou sua versão do Vim para 7.3.363, e o problema parece estar resolvido.