Normalmente PATH é definido como um valor inicial de um modo altamente dependente do sistema pelo programa que faz o seu login ( pam_env é um colaborador comum), então /etc/profile e ~/.profile e arquivos que eles incluem vão modificar esse valor.
Remova qualquer alteração para PATH em .bashrc , as configurações de ambiente não pertencem a .bashrc : consulte Diferença entre .bashrc e .bash_profile .
Primeiro, faça login no modo de texto (por exemplo, com ssh localhost ), pois a inicialização da sessão é muito mais simples do que no modo gráfico.
Coloque set -x no início de /etc/profile e ~/.profile . O shell irá imprimir um rastreamento do que ele faz em seu fluxo de erro padrão; procure atribuições para PATH no rastreamento.
Não há noção de precedência para atribuições de variáveis de ambiente: quem atribui as últimas vitórias.