Eu tive exatamente o mesmo problema. Eu estava executando meu servidor de nó como você faz:
nohup node server.js &
Dessa forma, o processo está sendo executado na sessão de terminal, e é por isso que o processo permanece mais longo à medida que a sessão de terminal fica aberta.
Em vez disso, tente executar o processo em uma sessão separada:
setsid nohup serve.js &
Tente assim, funcionou para mim.