Veja o Expansão do parâmetro docs. Remover uma extensão é bastante comum, você pode fazer isso com:
...
file=$1
cpiofile=${file%.*}
...
gunzip $file
cpio -id < $cpiofile
...
(A substituição dos parâmetros posicionais por nomes de variáveis adequados facilitará a leitura e a manutenção do seu script, especialmente se em algum momento você quiser adicionar ou alterar a ordem dos parâmetros.)