Como todos os pacotes tentarão sobrescrever completamente o arquivo de configuração, você pode definir o arquivo somente no modo de anexação
chattr +a bb
Assim, você não pode remover / truncar o arquivo, apenas anexá-lo.
Mas, nesse caso, você impedirá que o gerenciador de pacotes atualize o sistema.
Se você simplesmente não quiser que o gerenciador de pacotes substitua seus arquivos personalizados, você poderia manter o pacote, no debian / ubuntu, você poderia fazer:
echo package-name hold | dpkg --set-selections
Dessa forma, este pacote não será atualizado, seus arquivos serão mantidos.