Leia o segundo arquivo, salve o conteúdo em uma matriz (chave = primeiro campo, valor = segundo campo), depois leia o primeiro arquivo e verifique se o primeiro campo é uma chave comum e se o segundo campo correspondente é diferente. Se o resultado for positivo, imprima a chave e os dois valores:
awk 'BEGIN{FS=OFS=","}NR==FNR{z[$1]=$2;next}
{if (z[$1] && (z[$1]!=$2)){print $0, z[$1]}}' file2 file1