Se um invasor puder inicializar um CD ao vivo em seu ambiente, seu ambiente não estará seguro. Esta é uma das razões pelas quais a segurança física é tão importante.
Como regra geral, o acesso físico à máquina é tudo o que é necessário para comprometê-la. As permissões do Unix são aplicadas pelo kernel. Se você rodar um live CD e for root, não há diferença real do que ser root em sua própria máquina; não há nada de especial no seu ambiente.
Isso é esperado e é normal. É por isso que a criptografia de dados é necessária se você quiser ocultar seus dados de alguém que possa acessar sua máquina fisicamente - as permissões Unix só protegem você contra um invasor que ataca um computador com um modelo de permissões conhecido e restrições conhecidas (senhas, chaves, etc) para impedir que um invasor receba essas permissões. Se o invasor puder manipular a máquina, inicializar no modo de usuário único, inicializar um ambiente ao vivo, etc, então não há nada que você possa fazer além de criptografar seus dados.
A criptografia é um bom primeiro passo, mas a cada passo (quando você está digitando sua autenticação para descriptografar o volume, etc) você está confiando que o computador não minta para você. Você não pode confiar no computador se não tiver pelo menos uma boa segurança física.
As permissões do Unix exigem imposição e, se o seu ambiente mudar, essa imposição pode se tornar inesperadamente mais fraca.