O personagem que está esperando é ^ ?, que era uma chave chamada DEL em seus terminais herdados (por exemplo, VT220).
Você pode fazer stty intr ^? antes de iniciar o aplicativo para fazer isso usar isso para o sinal de interrupção, mas eu não sei se há uma maneira de configurar o Putty para enviá-lo para o DEL. Eu sei que alguns outros terminais permitem que ele seja remapeado.
Você não pode simplesmente alterar a mensagem impressa?
Você pode precisar de um emulador de terminal diferente ou de uma camada de emulação de terminal extra semelhante à tela entre o terminal e o aplicativo.
EDIT: Se você selecionar a opção "SCO" em "Teclas de função e teclado", a tecla DEL deve gerar ^?
, que você pode mapear para stty intr. Você também deve definir o Backspace para Control-H. Também é possível que o aplicativo espere que as sequências de caracteres que as teclas Home, End, etc geram nesse modo, desde que você disse que era um aplicativo projetado para ser executado em um sistema operacional SCO.
No entanto, você deve considerar a resposta do @StephaneChazelas, já que usar a tela para isso criaria um ambiente mais controlado (ou seja, você não precisaria configurar o putty na máquina cliente de todos)