Você escapou de um sinal de porcentagem e não do outro:
$(($(date +\%u)%2))
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HERE
Todos os sinais de porcentagem em uma entrada crontab precisam ser ignorados, porque% tem um significado especial lá. Para citar o crontab (5) manpage:
The entire command portion of the line, up to a newline or % character, will be executed by /bin/sh or by the shell specified in the SHELL variable of the crontab file. Percent-signs (%) in the command,unless escaped with backslash (), will be changed into newline characters, and all data after the first % will be sent to the command as standard input.
É certo que esse parágrafo poderia ser melhor redigido.
Então, isso precisa ser:
$(($(date +\%u)\%2))