O FreeBSD não é o kernel sozinho, enquanto o Linux é apenas o kernel com muitas variações ("distros"). Cada distro tem alguma variação. O Linux também tende a fazer mudanças, como o recente systemd e o Wayland, enquanto o FreeBSD prefere "steady as she goes". Nesse caso, é menos provável que o FreeBSD mude sua infra-estrutura central, enquanto, no Linux, pode haver mudanças necessárias em seu código / fluxo de trabalho / atualização / qualquer que seja o caso.
As raízes do FreeBSD são do Unix e há um strong desejo de manter o "The Unix Way", enquanto o Linux parece preferir mudar as coisas pelo "progresso". Alguns chamam de "The Unix Way" sendo preso no passado, enquanto outros chamam de estabilidade ao fazer melhorias. Alguns questionam porque o Linux não pode fazer seu "progresso" melhorando os métodos atuais.
No geral, o FreeBSD é menos propenso a mover coisas em você do que o Linux. Às vezes, os programas não colocam as coisas no mesmo lugar no Linux, de distro a distro.
No que diz respeito aos aplicativos, a maioria, senão tudo o que você usaria, também está disponível no FreeBSD ou, se não, o FreeBSD pode rodar a maioria dos aplicativos Linux no modo de compatibilidade.
Tanto quanto à prova de falhas, duvido que você encontre alguém para dizer que o FreeBSD não faz um trabalho tão bom ou melhor nesse departamento. A partir de quase 9 anos de uso, nunca tivemos uma falha no FreeBSD e, mesmo com as típicas interrupções de energia e falhas de usuário, cada caixa sempre foi reiniciada sem problemas.
Neste momento, nosso desenvolvimento é feito em várias caixas por vários motivos. Agora estamos nos preparando para construir nossa própria caixa-monstro com o FreeBSD como o SO, mas rodando o Linux em várias VMs. Desta forma podemos codificar no FreeBSD e implantar / recompilar / etc para múltiplas versões do Linux, e até mesmo do Windows, se necessário.