Você precisa usar um loop no shell para fazer o loop de todos os arquivos MP3, já que o ffmpeg geralmente deseja apenas um arquivo de saída por execução. No bash, seria parecido com:
for f in *.mp3; do
ffmpeg -i "$f" "${f%.mp3}.aac"
done
Note que por razões de qualidade de som, você provavelmente desejará dar algumas opções ao ffmpeg. O ffmpeg Guia de codificação do AAC tem detalhes, mas como um exemplo rápido de que a linha do meio pode se tornar:
ffmpeg -i "$f" -c:a libfdk_aac -vbr 3 "${f%.mp3}.aac"
(PS: É um pouco surpreendente o seu telefone não suporta MP3, o suporte é muito comum e está listado na folha de especificações para o seu telefone).
don_chrissti oferece uma alternativa usando o GNU Parallel (que deve ser mais rápido em processadores multi-core, como ele executará vários códigos simultaneamente):
parallel ffmpeg -i {} -c:a libfdk_aac -vbr 3 {.}.aac ::: *.mp3
Por favor, note que também existe uma versão do moreutils do parallel, que possui uma sintaxe completamente diferente (e não funcionará no acima).