Tudo bem, então, como comentei várias vezes, encontrei uma solução. Você pode informar ao apache2 para atender somente às solicitações do seu domínio e negar todo o resto. Aqui está o código:
RewriteEngine on
RewriteCond %{SERVER_NAME} !^(www\.)?example.com$
RewriteRule ^ - [F]
Coloque este código no seu arquivo .htaccess na pasta / var / www. Ele deixará cair um erro 403 por padrão se você não usar o domínio definido.