Eu não acho que haja um conceito de "diretório criado pelo sistema". Quando você está instalando seu sistema, a mídia de instalação geralmente faz o trabalho para você - você vê o resultado (por exemplo, diretório / etc criado), mas isso é realmente feito pelo usuário que executou o script.
Qualquer coisa criada pelo "sistema" pode ser tratada como criada pelo root, mas não há como saber se isso foi automatizado ou não.