No caso da segurança, ele só detectará um número limitado de problemas, quando a pessoa que invadiu o servidor e substituiu / alterou alguns arquivos é bastante inexperiente, pois qualquer rootkit "decente" garantirá que uma ferramenta como o debsums "verá" os arquivos originais e nenhum "alarme" tocará.
Pode ser um pouco mais útil detectar a corrupção do sistema de arquivos.
Em qualquer caso, certamente não faz mal, desde que você esteja ciente das limitações.