apt-get remove xserver-xorg-input-libinput
Em seguida, reinicie o Xorg (Fazer o logout e fazer login novamente deve fazê-lo. Se não, fazer logout, reiniciar o sddm e fazer login novamente deve resolver o problema)
Você também pode configurar explicitamente o dispositivo libinput para usar o NaturalScrolling. Mas eu fui com a primeira rota e tudo foi bom.