Assumindo que folder1
e folder2
estão abaixo da pasta parent
,
parent
folder1
folder2
Você pode reformular o seu loop for,
for file in ../folder2/*.csv
Como regra geral, você sempre pode fornecer caminhos absolutos para esses loops:
for file in /home/username/parent/folder2/*.csv
do
split -l 50000 -d -a 4 "$file" "$file"
done
O loop acima funcionará independentemente do diretório em que você estiver.