Bem, você pode se recuperar do problema de permissões inicializando uma unidade de CD / DVD / USB ativa, montando seu sistema de arquivos raiz (em um subdiretório) e executando o comando chmod
lá. SystemRescueCd é uma distribuição projetada especialmente para esse tipo de reparo, mas qualquer CD ao vivo que possa manipular seu sistema de arquivos raiz funcionará.
Mas se o seu servidor foi comprometido, é muito difícil ter certeza de que você erradicou todos os traços do comprometimento. O cracker poderia ter deixado backdoors em lugares surpreendentes. Provavelmente, é melhor limpar a unidade e reinstalar do zero.