is there any way to configure it to complete only files for the command vim?
Pode haver, mas tenha cuidado com o que você deseja. Isso tornaria impossível ter conclusão de tabulação para arquivos em subdiretórios, assim como não expandirá para diretórios com arquivos também.
and [ is there any way to configure it to complete ] only directories for the command cd?
Sim, esse comportamento é instalado por padrão no Ubuntu 12.04 e pode haver outros sistemas operacionais também. Se você não tiver essa sorte, tente essa resposta em Superuser.com.