Isso fica bem perto:
$ awk 'NR==1 { for( i=1; i<=NF; i++ ) {out[i][0]=$i } } NR==2 { for( i=1; i<=NF; i++) {out[i][1]=$i } } END {for( i=1; i<=NF; i++ ) { print "\""out[i][0]"\":\""out[i][1]"\","}}' input
"а":"a",
"б":"b",
"в":"c",
"г":"č",
"д":"ć",
"ђ":"d",
"е":"dž",
"ж":"đ",
"з":"e",
"и":"f",
"ј":"g",
"к":"h",
"л":"i",
"љ":"j",
"м":"k",
"н":"l",
"њ":"lj",
"о":"m",
"п":"n",
"р":"nj",
"с":"o",
"т":"p",
"ћ":"r",
"у":"s",
"ф":"š",
"х":"t",
"ц":"u",
"ч":"v",
"џ":"z",
"ш":"ž",