Se você quiser apenas remover todas as linhas duplicadas de aaaa-mm-dd, então
% sed '/^yyyy-mm-dd/,$ { n ; /^yyyy-mm-dd/d }' srcfile
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yyyy-mm-dd hh:mm:ss
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Se você quiser remover todas as linhas duplicadas, então isso é um pouco hack'n'slashy e ineficiente, mas funciona e é muito fácil de entender. (Você pode otimizar o segundo sed | grep, mas é mais fácil ler assim, IMHO).
% sed -n '1,/^yyyy-mm-dd/p' srcfile ; sed '1,/^yyyy-mm-dd/d' srcfile | grep -v ^yyyy-mm-dd | sort -u
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