Como repetir uma linha para cada valor de sua coluna correspondente

Question

eu não sou especialista em programação, eu quero repetir uma linha para todos os seus valores correspondentes qualquer ajuda

meu arquivo de entrada é assim

    pos     COL1  COL2  COL3
    18691441    C   A   G
    18691572    G   C   G
    18691620    A   T   G
    18691716    C   G   C

eu quero saída como esta

pos COL1    
18691441    COL1 C  
18691441    COL2 A  
18691441    COL3 G  
18691572    COL1 G  
18691572    COL2 C  
18691572    COL3 G  
18691620    COL1 A  
18691620    COL2 T  
18691620    COL3 G  
18691716    COL1 C  
18691716    COL2 G  
18691716    COL3 C

Eu estou tentando repetir uma linha, mas isso simplesmente faz com que eles sejam duplicados, estou usando

while read line; do for i in {1..3}; do echo "$line"; done; done < real2.txt

e dá saída:

pos       COL1 COL2 COL3
18691441    C   A   G
18691441    C   A   G
18691441    C   A   G
18691572    G   C   G
18691572    G   C   G
18691572    G   C   G
18691620    A   T   G
18691620    A   T   G
18691620    A   T   G
18691716    C   G   C
18691716    C   G   C
18691716    C   G   C

então eu extraí o pos do arquivo 1.txt de entrada e faço 1_pos.txt e escrevo algo assim:

     pos
    18691441
    18691572
    18691620
    18691716
    for i in 'cat 1_post.txt';
    do
   x=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL1""\t"$2}' ) ;
   y=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL2""\t"$3}' ) ;
   z=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL3""\t"$4}' ) ;

    echo -e "$x""\n""$y""\n""$z";
    done  

isso me dá saída, com informações de coluna, mas e se eu tiver 405 colunas em vez de três eu não quero repetir linhas para cada coluna 405 vezes, eu tento colocar isso em loop, mas não funciona, qualquer ajuda pessoal:

18691441    COL1    C
18691441    COL2    A
18691441    COL3    G
18691572    COL1    G
18691572    COL2    C
18691572    COL3    G
18691620    COL1    A
18691620    COL2    T
18691620    COL3    G
18691716    COL1    C
18691716    COL2    G
18691716    COL3    C

    

Answer 1

Que tal:

while read line col1 col2 col3; 
do 
    if [[ "$line" = "pos" ]]; then
        echo "pos COL"
        continue    
    fi
    echo "$line COL1 $col1"  
    echo "$line COL2 $col2"  
    echo "$line COL3 $col3"  
done < real2.txt

saída:

pos COL
18691441 COL1 C
18691441 COL2 A
18691441 COL3 G
18691572 COL1 G
18691572 COL2 C
18691572 COL3 G
18691620 COL1 A
18691620 COL2 T
18691620 COL3 G
18691716 COL1 C
18691716 COL2 G
18691716 COL3 C

    

Answer 2

awk abordagem:

awk 'BEGIN{OFS="\t";print "pos" OFS "COL1"}{if(NR==1){for(f=2;f<=NF;f++) c[f]=$f;}
     else{for(i=2;i<=NF;i++) print $1,c[i],$i}}' real2.txt

A saída:

pos     COL1
18691441        COL1    C
18691441        COL2    A
18691441        COL3    G
18691572        COL1    G
18691572        COL2    C
18691572        COL3    G
18691620        COL1    A
18691620        COL2    T
18691620        COL3    G
18691716        COL1    C
18691716        COL2    G
18691716        COL3    C

OFS="\t" - separador de campo de saída

print "pos" OFS "COL1" - imprime cabeçalho linha

if(NR==1){for(f=2;f<=NF;f++) c[f]=$f; - coletando nomes de coluna da primeira / linha de cabeçalho

for(i=2;i<=NF;i++) print $1, c[i], $i - imprimindo cada coluna ( COL... ) valor "rowwise" em relação ao respectivo valor da coluna pos e seu nome de coluna correspondente.

    

Answer 3

Não use loops de shell para processar texto.

Aqui, awk é a ferramenta certa para a tarefa. Mas você só precisa ligar uma vez:

awk -v OFS='\t' '
  NR == 1 {print $1, "name", "value"; split($0, header); next}
  {for (i = 2; i < NF; i++) print $1, header[i], $i}' < your-file

_{^{(uma variação da resposta de Roman )}}

    

Answer 4

while IFS= read -r l; do
   read -r -a A <<<"$l"
   case $l in
      'pos'[\ \   ]* )
         echo "${A[@]:0:2}"
         C=("${A[@]:1}")
         ;;

      * )
         p=0 x=${A[0]}
         for e in "${A[@]:1}"; do
            echo "$x ${C[$p]} $e"
            ((p++))
         done
         ;;
   esac
done < yourfile


sed -E '
   /\n/bloop

   y/\t/ /;s/  +/ /g;s/^ +//;s/ +$//

   1{
      h
         s/ /\n/2
      x
         s/ /\n/;s/.*\n//
      x
         s/\n.*//
      b
   }

   G;s/\n/ &/

   :loop
      #  1     2     3   4   5
      s/^(\S+ )(\S+) (.*)(\n)(\S+) ?/ /
      /\n$/{
         /\n.*\n/!d
      }
       P
      /\n.*\n/D
   tloop

' yourfile

Resultados

pos COL1
18691441 COL1 C
18691441 COL2 A
18691441 COL3 G
18691572 COL1 G
18691572 COL2 C
18691572 COL3 G
18691620 COL1 A
18691620 COL2 T
18691620 COL3 G
18691716 COL1 C
18691716 COL2 G
18691716 COL3 C

Explicação

• Primeiramente, nós convertemos quaisquer TABs residuais em espaços, em seguida, comprimimos vários espaços e, por fim, ajustamos os espaços iniciais / finais.
• Fazemos um tratamento especial da primeira linha:
  • a) faça uma cópia da linha.
  • b) marque o final da segunda coluna para mais tarde.
  • c) trocar esta linha marcada com a cópia armazenada no espaço de espera.
  • d) tira a primeira coluna, depois volta & nessa exibição cols1,2.
• Para todas as outras linhas, (2 a eof), acrescentamos os nomes das colunas à linha.
• Em seguida, configure um loop do-while no qual, em cada iteração, reorganizamos os campos da maneira mostrada, para que o nome da coluna junto com seu valor seja impresso. Paramos quando vemos uma linha tendo \n no final E é a única \n char restante na linha. Caso contrário, apenas cortamos a parte de ataque e desviamos para o início do loop.