sed
pode usar um caractere arbitrário para o delimitador de padrão:
sed -i 's#root /var/www/stuff#root /var/www#' somefile
O modificador g
é inútil aqui, já que você não espera mais de um jogo por linha.
Para portabilidade:
sed 's#root /var/www/stuff#root /var/www#' somefile >newfile && mv newfile somefile
Quanto à sua documentação, basta dizer "alterar esta linha em um editor". Se eles estão configurando o nginx, eles devem saber como usar um editor, ou assim esperamos.
Geralmente, alterar coisas em arquivos de configuração, se for apenas uma edição única, é menos propenso a erros quando feito manualmente. Dessa forma, você não corre o risco de ter uma expressão regular mal montada enlouquecida e mudar as coisas de formas que não foram planejadas.